Manuel Alvarez nació en Barcelona en 1967. Empezó a tocar el bajo eléctrico de manera autodidacta a los 14 años, hasta que a los 20 entró en el Taller de Músics de Barcelona para completar su formación musical. En esa misma entidad acabaría siendo profesor de bajo y contrabajo entre los años 2001 y 2008. También en 2008 Manuel se graduó por la ESMUC. No obstante, su aprendizaje como contrabajista puede decirse que ha sido básicamente autodidacta, aunque ha recibido clases puntuales de maestros como Pierre Boussaguet o Javier Colina.
Aunque ha hecho muchas y muy variadas incursiones en otros estilos como el flamenco —acompañando al guitarrista Eduardo Niebla—, la música latina —con el Septeto Barcelona—, el baile —con La Tribu de Santi Arisa y la Orquesta Galana— o el folk —con Figues d'un altre paner—, la mayor parte de su carrera ha estado centrada en el jazz.
En 1997 empezó a tocar en la Barcelona Jazz Orquestra, dirigida en aquella primera etapa por Oriol Bordas y donde coincidió con Ignasi Terraza o Joan Chamorro, entre otros. Con la BJO realizaron varias giras por España acompañando a artistas americanos como Frank Wess o Jesse Davis. También con la BJO grabaron el disco September in the Rain, en el que participaron como solistas Jesse Davis y Randy Greer, para el sello Swingfonic Records.
En 1998 entró a formar parte del trío de Ignasi Terraza. Con esta formación trabajaron intensamente por España, Portugal, Francia o Suiza. También grabaron dos discos: Let me tell you something y Jazz a les Fosques volúmenes 1 y 2, también para el sello Swingfónic Records. Este último disco fue el producto de tres meses de residencia en la sala Teatreneu de Barcelona. Con este trío grabaron además el disco Night Sounds, del saxofonista catalán Toni Solà.
En la segunda etapa de la Barcelona Jazz Orquestra, dirigida por Dani Alonso, realizaron varias giras por España y Francia acompañando a artistas como Nicholas Payton, Benny Golson, Phil Woods, Jesse Davis, Ann Hampton Calloway, Susana Sheiman, Randy Greer o Emmanuel Djob. Grabaron los discos My Man Benny, con Phil Woods, y Once Upon en Time, con Nicholas Payton. En estos años coincidió en la BJO con el batería francés Jean Pierre Derouard, con quien años después grabaría Lined with a Groove, el primer proyecto personal de Manuel Alvarez.